O 2º ciclo do curso de Ciências Empresariais encontra-se organizado em 4 semestres, incluindo disciplinas na área científica da Gestão complementadas com outras promotoras de desenvolvimento de competências transversais.

Assim, o primeiro ano contempla um conjunto de unidades curriculares focalizadas nas diferentes áreas das ciências empresariais, com o objetivo de desenvolver competências científicas, técnicas e profissionais para responder ativa e criativamente aos desafios competitivos da atualidade. Por sua vez, o segundo ano oferece uma formação específica em metodologia de investigação que permite que o aluno desenvolva um trabalho de investigação científica num dos diferentes domínios das ciências empresarias, sob a devida orientação de um docente especializado na área, e que culminará com a apresentação da dissertação de mestrado.

Ao caraterizar-se por um nível de estudos aprofundado, com preocupação assumida pela especialização, tem três objetivos principais: através de uma profunda interligação entre as mais recentes teorias de gestão e as melhores práticas empresariais, utilizar métodos, técnicas e instrumentos de gestão que facultem aos mestrandos um quadro conceptual e metodológico para aplicação; preparar gestores com conhecimentos específicos, incentivando os mestrandos a desenvolver as suas aptidões para identificar e explorar as oportunidades oferecidas pelo meio envolvente e ainda ampliar a sua área de formação já consolidada nos níveis académicos anteriores.