O Doutoramento em Ciências da Terra da Universidade Fernando Pessoa foi delineado no sentido de suprir a necessidade de preparação avançada, em Portugal, de especialistas nos domínios dos Sistemas Petrolíferos e das tecnologias de Captação, Utilização e Armazenamento de Dióxido de Carbono e temáticas associadas. Neste sentido, este 3º Ciclo de Bolonha está organizado em duas especialidades:
O curso está organizado em 6 semestres letivos, correspondendo a uma parte escolar especializada de 2 semestres (60 ECTS) seguida de 4 semestres para a elaboração orientada da dissertação, contando-se para o efeito com a via experimental assegurada pelo Laboratório de I&D 3ERL (Laboratório de Investigação em Energia, Ambiente e Saúde Ambiental e Pública) do Centro de Investigação FP-ENAS (Unidade de Investigação UFP em Energia, Ambiente e Saúde), Unidade referência 4546 registada na Fundação para a Ciência e a Tecnologia.