O 3º Ciclo de Estudos em Ecologia e Saúde Ambiental está organizado em 6 semestres, equilibrados entre a preparação metodológica para a investigação (2 semestres) e a elaboração da tese sob a supervisão do orientador (4 semestres).

Os dois primeiros semestres (60 ECTS) incluem uma parte letiva na área de Ecologia e Saúde Ambiental e dos métodos de análise científica qualitativa e quantitativa, bem como o desenho da proposta de projeto de tese de doutoramento com recurso a uma escrita argumentativa e expositiva adequada.

Os quatro últimos semestres são dedicados à elaboração orientada da tese, durante a qual o contacto do orientando com o seu orientador ocorrerá com a frequência e a intensidade necessárias à boa consecução do trabalho científico previamente estabelecido.